不过因为皇位来得有些名不正言不顺，朱棣登基后做的第一件事是大肆清理前朝旧臣，为了让自己的皇位坐得更踏实，他将朱允炆时期不肯归顺的大臣杀了个遍，方孝孺就是在这样人人自危的时候，公然穿着素衣到朝堂上为自焚的朱允炆哭丧。
面对这个文学博士，朱允炆心腹的挑衅，朱棣首先摆出了贤明的形象，他解释自己是逼不得已才发动政变的，还试图说服方孝孺归顺。但正直的方孝孺不仅不买朱棣的帐，还当着文武百官的面大骂朱棣反贼，气愤不已的朱棣将方孝孺关进了牢房。
但为了能有方孝孺这样的大儒公开承认自己的合法性，冷静之后的朱棣又将他放了出来，并且在一次大型宴会上要求他给自己写一份即位诏书，谁知方孝孺毫不犹豫地在纸上写下了"燕贼篡位"四个大字，还大声说自己宁死也不会为朱棣效力。
