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分封制与郡县制的争论逐渐归于沉寂，直到淳于越在咸阳宫宴会上旧事重提，再次挑动了李斯敏感的神经。在听到淳于越的言论后，时任丞相的李斯，决定对复古派进行彻底打击，从根源上断绝这股复古思潮。
李斯向皇帝指出：“历史是不断发展的，上古三代有什么可效法？时代变了，治理天下的方法也应该不同。现今陛下开创万世大业，非愚儒所能理解。天下已定，法令一统，百姓应当努力耕作，读书人就要学习法令禁条。”
李斯一针见血地指出，儒生“不师今而学古”，是在否定现行制度，扰乱老百姓的思想。在他看来，知识分子读了《诗经》、《尚书》、诸子百家典籍，常借古书非议当朝，只有烧毁这些在民间流传的古代典籍，才能断绝此现象。因此，李斯冒死向秦始皇提出了“焚书”的主张（“丞相臣斯昧死言”）：
秦始皇的回答，史书上只有简洁明快的3个字——“制曰：‘可’”。焚书令的处罚异常严酷。法令颁布后，如果有人谈论《诗经》、《尚书》之类的书被发现，就要被斩首弃市；引用古代典籍非议时政的人要满门族灭；官吏知情不报的与犯者同罪；法令颁布后超过三十日留书不烧者，要脸上刺字送去修筑城墙。
▲李斯剧照：这位精通刑名之学的秦相，下场极为悲惨。
焚书，是李斯为维护秦朝统治推行的文化专制改革，如胡适所说的，其根本是反对“以古非今”。但这个专利权也不属于李斯。早在商鞅变法时，商鞅就跟秦孝公说过“燔诗书而明法令”。史书并没有留下秦孝公焚书的记载，竟时隔一百多年，在秦始皇这一代做到了。
大秦的老板，堪称法家“唯粉”。
焚书的目的，是禁止民间阅读如《尚书》、《诗经》等复古学说，但实际的执行效力，并没有想象中那么大。现在很多人认为秦始皇“焚书”，是把天下所有书籍都烧掉，其实并非如此。
《史记》就说“《诗》、《书》所以复见者，多藏人家”，官方与民间还是留存了许多儒家经典。秦末战乱之后，这些书籍重见天日。除此之外，其余类型的书很多也留下了，如医药、农学、卜筮等实用书籍。
宋代学者郑樵耐人寻味地说了一句：“秦人焚书而书存，诸儒穷经而经亡。”秦始皇焚书，没有烧尽天下之书，后世学者为了统治者而苦心研究章句训诂之学，却把儒家经典糟蹋得面目全非。
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在焚书的第二年，发生了“坑儒”事件。“坑儒”是汉代以后约定俗成的一个说法。
如前文所述，学者认为，秦始皇坑的并非全是儒生，实际上很多是求仙访药的方士，如司马迁在《史记·儒林列传》中就说，“及至秦之季世，焚诗书，坑术士。”
坑儒的起源，正是一起方士对秦始皇的“诽谤案”。此处的“方士”，在思想上与黄老之学相近，他们得到秦始皇重用，专门为嬴政修炼长生不老药，寻访仙人、仙山，可是“所费钜万”，连仙药的影子都没见着。秦始皇的这三百多名方士中，有一个姓侯，一个姓卢。这两个人忙活了这么些年，没找到长生不老药，按秦律将被治罪，因此对秦始皇很有意见。
秦始皇三十五年（前212年），侯生与卢生私底下痛骂了秦始皇一顿后相约逃跑。也不知他们这番话怎么传到了嬴政那里，一下子激怒了他。秦始皇勃然大怒，说：“我待卢生这些人不薄，他们居然在背后骂我缺德。之前我派人去探访在咸阳的诸生，他们中竟然还有人在发表危险言论，扰乱百姓思想。”
