1853年3月，太平军攻占六朝古都金陵，林凤祥摘得首功，不久之后，洪秀全、杨秀清等人决意北伐，林凤祥被委以重任，成为北伐军统帅。很多人认为北伐军三个将领排名不分先后，毕竟官职都是丞相，还有人认为，北伐军的统帅是李开芳。小佛在之前文章《太平天国派兵北伐，谁才是军队统帅？李秀成造成的误会实在太深》已经十分清晰地根据史料确定北伐三将的老大是林凤祥。（太平天国等级森严，从文书中林凤祥、李开芳、吉文元三人的位置就能确定，林凤祥是真正的北伐军老大）
洪秀全、杨秀清派给了林凤祥两万人，这两万人是当时太平军中最精锐的战士，他们是当初萧朝贵率领的先锋军，他们从金田村到金陵城难见败绩，他们是真正的百战之师。当然，林凤祥身上的担子也十分沉重：他要带着这两万人孤军深入清政府牢牢控制的北方，打下北京城。
然而，孤军深入作战必然九死一生，不是谁都能像卫青、霍去病那样长途奔袭之后仍旧打败敌人，尽管北伐军勇气可嘉，尽管北伐军义无反顾，可是他们终究孤立无援，清政府在北京有驻军十多二十万，太平军吃不惯北方食物，对北方天气了解不够，没有带够冬衣，以至于士兵冻死、饿死极多，非战斗性减员十分厉害。
最终，太平军陷入清军层层包围之中，虽多次竭力突围，仍旧未能扭转败势，林凤祥带着北伐军（李开芳分兵前去接应援军）在河北境内的连镇坚守280个日日夜夜，不知道打退了清军多少次进攻。
