就在战事顺利进展的时候，清廷又出现了问题，英国使者威胁清廷让左宗棠停止进军，因为新疆阿古柏之乱是由英国和俄国支持的。清廷恐惧英国威胁，要求左宗棠停止进军。但是左宗棠据理力争，最后迫使清廷方面勉强同意左宗棠的军事战略。左宗棠继续部署部队攻打南疆，从8月大军继续向西挺进，到1878年1月，用近半年时间，攻克南疆诸城。阿古柏的长子胡里与白彦虎逃往俄国。但是事情并未结束，可恶的沙俄又开始捣乱了。沙俄在趁乱占领伊犁时，曾宣布"伊犁永远归俄国管辖"。在后来左宗棠收复南疆之后，沙俄又威逼清廷签订《里瓦几亚条约》。沙俄不仅借此机会勒索银两，还贪婪地要把伊犁附近的领土也划为其有，简直欺人太甚。
左宗棠再次上书清廷，陈述利害，清廷总算清醒，再次令左宗棠出兵，兵分三路向伊犁方向挺进。于此同时，左宗棠还把自己预先准备的棺材从肃州运到哈密，借以表示为收复伊犁要与沙俄血战到底的决心。终于迫使沙俄在和清廷的谈判中作出了让步。而最为重要的是，新疆166万平方公里的领土终于在左宗棠的艰辛努力之下夺了回来，不然恐怕沙俄占了伊犁，还要新疆。
到1885年9月5日，一代爱国名臣左宗棠在福州病故，享年七十三岁。在此，我们以左宗棠生前给自己写的挽联作为结束：
