然而，后来的孙元化做了登莱巡抚，在其任期内发生了吴桥兵变，而当时的孙元化力主招抚，却因为巡按王道纯藏匿了诏书，使得当时的叛军长期得不到招抚，结果再次发生了叛乱。此时，孙元化的政敌便趁机向崇祯皇帝进谗言。而最终生性多疑的崇祯决心除掉孙元化，因此孙元化在北京西市被斩首，死时年仅五十一岁。
事后，懂得火炮技术的孙元化之子因为父亲之事而拒绝在朝廷任职。因此，孙元化一死，明朝便再也没有精通西洋火炮铸造技术的专家了，当时在火器方面的研究也因而戛然而止。由于崇祯生性多疑听信谗言，导致明朝一下子损失了两位人才，并且损失了可能扭转战局的火炮技术支持。
第四：孙承宗
前文也有提到孙承宗，作为袁崇焕的老师，孙承宗的实力是非常强的，后世将其称为"辽东三杰"之一便是对他的肯定。在朝中普遍提议放弃辽东的情况下，他却依然请命前去驻守，极大的加强了东北的边防。
