由于战事耽搁，朱允熞和二哥吴王朱允熥都未能就藩，而是和皇兄朱允炆一起留在了京师南京。
明朝建文四年（1402年）六月，朱棣率军攻入南京，朱允炆一把火烧毁皇宫后，不知所踪。
随后，朱棣宣布即皇帝位，废除建文年号，改称建文四年为洪武三十五年，改第二年为永乐元年，是为明成祖。
明成祖朱棣登基后，下诏将朱允熞的母亲吕太后降为"皇嫂懿文太子妃"，取消明兴宗孝康皇帝朱标的庙号、谥号、陵号，恢复了"懿文皇太子"的谥号，孝康皇后常氏也被降为"敬懿皇太子妃"。
朱允熞当然也不能幸免，被朱棣降封为怀恩王，迁居建昌，他的二哥朱允熥则被降封为广泽王，迁居漳州。
