事实证明，冯云山是非常有眼光的，他在广西紫荆山区传教非常顺利，发展了数量众多的信众。因为广西贫穷闭塞，老百姓好忽悠，统治阶级的基础也比较薄弱，所以拜上帝教在广西发展很快。实际上，拜上帝教的大部分信徒都是冯云山传播的，杨秀清、萧朝贵、韦昌辉等大部分天平天国骨干都是他拉来的。可以说，拜上帝教能发展起来，大部分都是冯云山的功劳，没有冯云山就没有太平天国。论资历，冯云山是仅次于洪秀全的二号人物。如果论贡献，冯云山的贡献比只会装神弄鬼的洪秀全还大。不过由于冯云山闹得动静太大，所以引起了官府的注意，被官府抓了起来。地头蛇杨秀清和萧朝贵趁机搞了天父下凡的小把戏，抢了二三把交椅，所以永安封王时，冯云山只排到了第四位。
冯云山虽然位置排到了第四，但实际上，起义后的大小事务仍然归冯云山管。因为冯云山是读书人，是他们中最有才华和谋略的。别看打江山杨秀清他们行，但出谋划策甚至坐江山还得靠冯云山这种读书人。因此，金田起义后，一直是冯云山总揽军政大权。《李秀成自述》："南王冯云山在家读书，其人才干明白，前六人之中，谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也。"金田起义时，太平军的军制是冯云山制定的，作战方针和行军路线也是他制定的。永安建制时，官制和礼制还是他制定的。冯云山实际上是整个太平天国的掌舵人。可以说，没有冯云山就没有太平天国。但可惜的是，永安建制后，太平军突围北上，结果在北上的途中，冯云山被伏击的清军炮火所伤，没多久就挂了。作为太平天国唯一的政治家，冯云山的去世对太平天国的损失是不可估量的。太平天国《醒世文》说他:"南翼军师为辅佐，前导开国扶圣君，克取省郡如反掌，开疆拓土功劳深。"
冯云山就义后，权力转移到野心勃勃的杨秀清手中。不过虽然杨秀清的军事才能很高，但政治才能远远比不上冯云山。杨秀清是军事统帅，石达开等人只是寻常战将，冯云山一死，太平天国在政治上永远处于一个幼稚的水平而无所改进。所以虽然太平军在军事上取得了较大的胜利，但最终还是没能完成推翻清政府的重任，强势了一段时间后就开始走下坡路。同时，冯云山的就义导致太平天国内部权力失衡，最终日益被架空的洪秀全怂恿韦昌辉干掉了杨秀清，又利用石达开除掉了韦昌辉，制造了著名的"天京变乱"。天京变乱后，太平天国从此走下坡路，没几年就被清政府消灭了。
参考资料：《论冯云山在太平天国革命前期的历史功绩》、《冯云山传略》、《太平天国革命准备时期的冯云山》
