很快，锦衣卫指挥就开始搜罗罪行，最后在1393年被告发蓝玉谋反，朱元璋立刻兴起大狱，将蓝玉极其手下，义子、义侄全部抓获，最后受牵连被杀的文武百官多达15000多人，杀了1公13侯2伯，是洪武后期最大的案子。而蓝玉本人是怎么处置的，史书并没有记载。
但是200多年后，张献忠攻入蜀中，在蜀王府城楼上看到了一个人皮填草的塑像，在那已经挂了200多年了，据蜀王府人描述那就是蓝玉。当年朱元璋将其处死，剥皮填草，做成稻草人，还在全国王府、将帅之间巡回展览，震慑那些图谋不轨之人。而当到达蜀王朱椿府中，因为朱椿是蓝玉的女婿，其上书父皇，才准许蓝玉皮草人常留蜀地，这一挂就是200多年。
