由于朝廷削藩激化矛盾，各地藩王便开始与朝廷决裂，而此时实力最强的燕王自然也就成了真正的"众藩之首"，但朱棣却还是不敢贸然行动，就在这时，作为其身边臂膀的姚广孝便密劝朱棣起兵，并告诉他"这是天道"，这才使朱棣有了造反的底气。1399年，朱棣以诛杀齐泰、黄子澄为名起兵，自己亲率大军"清君侧"，姚广孝则负责辅佐世子朱高炽留守北平，打退了前来进攻的南军主帅李景隆。
靖难之役初期，由于朱棣手中的"筹码"并不多，于是便被南军两次打回了老家，而在第二次回来的时候，朱棣本打算稍作休整，但在姚广孝的极力劝谏下，还是选择继续进军，并最终击败盛庸，攻破西水寨。后来，姚广孝又对朱棣献上一策："不要去攻打城池，应迅速直取京师，因为京师兵力单薄，一定能够攻克。"后经历史证明，姚广孝的这个建议真的十分奏效，燕军先后在淝水、灵璧接连击败南军，并最终成功渡江进入京师。
