当了几年学正之后，有一年朱元璋让天下百官发表治理天下的政治言论。曾秉正听了热血沸腾，一下子就写了个好几千字的奏折上去了。朱元璋看了之后觉得他写的非常有道理，很欣赏他的才华，因此就给他升了官儿，成了刑部主事，一年之后，又成了陕西参政。短短一年的时间，就从九品芝麻官儿成为了从三品。
朱元璋当时大概是对曾秉正是真的很欣赏，曾秉正的陕西参政还没有坐热乎，朱元璋在中央设立了一个新的机构，叫做通政司，专门帮助皇帝处理大臣的奏折，民间百姓伸冤举报等事情。这个中央机构的最高长官叫做通政使，正三品，相当于现在的最高秘书。
虽然只是正三品，但却非常受皇帝信任，经常与皇帝接触，因此在朝中可以说是没人敢惹。朱元璋的第一任高级秘书就是这位曾秉正担任的，因为曾秉正很正直，也不贪。曾秉正成为朱元璋的秘书之后，刚开始的时候办事非常得朱元璋欢心。然而这种情况并没有持续多久。
大概是距离产生美，也大概是因为曾秉正与朱元璋相处久了，再加上朱元璋对他不错，因此曾秉正就对皇帝丧失了敬畏之心，不久之后，曾秉正竟然敢抗旨不尊。朱元璋对他非常失望，一怒之下就将他罢官，让他回老家。
