但是没想到的是，在前线的军队已经将倭寇给击退了，这下就要好好算算杨应龙的账了，于是万历皇帝派出了四川都御史王继光、总兵刘承嗣等人去勘察情况，杨应龙在这一来二去的盘查中失去了耐心，直接将官员都轰了出去，双方的关系已经闹的非常僵硬了。甚至有官员已经上书万历皇帝，希望可以用大军将其镇压，但是这次万历皇帝又选择了原谅。
因为倭寇再次卷土重来，正是用人之际，所以希望杨应龙可以上战场，但是杨应龙似乎看穿了朝廷的冷漠，表面上是一口答应了下来，背地里却是一直在自己的大本营播州不断的修筑防御工事，双方进入了僵持阶段，而杨应龙打的算盘也是路人皆知。但是大战在即，谁也没有挑破。而双方正式发动的战争的导火索是自己二儿子的突然死亡，为了让杨应龙全力抗击倭寇，明朝将杨可栋压下来当了人质。
这边的杨应龙一看儿子都被明朝弄死了，怒气冲冲的就要和明朝干仗，没有了儿子的顾忌之后，他先向周围的土司进攻，大肆的劫掠，甚至连湖广四十八屯都遭到了波及。这下万历皇帝也保不了他了，因为杨应龙这种行为已经算是造反了，万历皇帝派出了李化龙前往征剿。这次的战争双方共动用了40万人参战，战斗十分惨烈，一个小据点，双方可以争夺好几十次。
最后这场战争以杨应龙的失败告终，杨应龙跪在祖宗的灵牌前泪如雨下，为毁在自己手中的700多年基业而悔恨，最终上吊自杀。这场耗时114天死伤十余万人的战争结束了，史称"平播之战"。这个自唐朝以来历725年的传29世的播州杨氏小王朝永远的退出了历史舞台，战后播州被一分为二，分别设立遵义军民府和平越军民府，划入川、贵两省。
