同样，在任用军事指挥将领时，起初表现得极其信任，优待有加，但到后来又翻脸不认人。如袁崇焕、杨嗣昌、洪承畴等人。
这导致前线不稳定，时常变化，将士们无所适从。即使明白"将在外，君命有所不受"和"用人不疑，疑人不用"的道理，但内心还是难以做到绝对的信任。
再次，崇祯帝的抑郁致使他信任宦官，崇祯登基不久，铲除了以魏忠贤为首的阉党集团，但是崇祯的多猜忌，容易感情用事，很难完全信任大臣，将宦官重新启用。
其亲信张彝宪、高起潜等宦官均担任军事要职，但是宦官多不懂军事，并克扣军饷，冒领军功，致使军队怨声载道。
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