父亲去世后，马国超在母亲的抚养下长大，他成绩优异，于1959年被保送到解放军测绘学院海军系。毕业后，马国超加入北海舰队海测大队，在海测大队政治处担任了一名文化干事。在文化干事任上，马国超一干就是十七年。
很多人都劝他利用父亲的关系，找一找父亲以前的老战友，把自己的工作调动一下。这种提议被马国超义正言辞地拒绝了，他认为自己的父亲是烈士，是民族英雄，自己不能做给父亲丢脸的事，要想晋升就要靠自己的真才实学，否则宁愿不晋升。
文化干事的工作虽然简单，但马国超从来都是一丝不苟。他在文化干事任上经常组织战士们唱歌、文艺表演，这些文化活动丰富了战士们的业余生活。是金子总是有发光的时候，改革开放后，军队实行干部年轻化，提拔了一批年轻有为的干部，马国超也在这次提拔中脱颖而出，成为海军政治部群工部副部长，不久后又担任了部长、海军航空兵副政委等职务。1994年，马国超被授予少将军衔。
