咸丰在位期间，慈禧已经开始干预政权，这是违背礼仪常规的，肃顺为了防止慈禧坐大自己的势力以后出现独揽大权的状况，向咸丰请奏诛杀慈禧。但咸丰皇帝却并没有同意他的请求，本来只是一个小插曲，但这个消息却不胫而走传到了慈禧的耳朵里，对于一个阻碍自己要将自己置之于死地的人，慈禧岂会轻易放过？那个时候，肃顺就已经进入了慈禧的诛杀名单。
咸丰去世之后，慈禧抓住机会迅速把握政权，政变成功。一朝得权，慈禧自然要先清除那些阻碍她的人。肃顺等一众咸丰的旧臣毫不意外的被打入大牢，自知不会有生还的可能，一部分老臣在狱中便已自裁。肃顺以为，自己一朝老臣，为朝廷奉献了自己的一生，凭借自己卓越的功绩也许慈禧会放他一马，便没有鲁莽的自行了断。但他没有料到，无论是慈禧巩固新生政权的需要，还是慈禧本人对他的记恨，都让他没有任何存活的机会，他必死无疑。
慈禧下令在菜市口处决他，即使清朝有着对于牢中的有功之臣要优待的政策，但是据当时的御前侍卫回忆，他那时见到的肃顺也是颓败的令人不可置信，仿佛一个行走的骷髅。肃顺一生忠君爱国，临死却被挂上了奸佞贼臣的旗帜，他不甘辱骂慈禧，被随行侍卫割掉舌头，打断双腿，侩子手砍下了他的人头，这个时候却出现了一件怪事，往常被行刑的人都是鲜血四溅，而肃顺却是静静流出了一滩血，没有以往血液飞溅的迹象，侩子手吓得魂飞魄散，落荒而逃。这个事情让人大为不解，纷纷推测许是肃顺死的太冤，才有此异象。
