袁崇焕到任后，在辽东进行了一番整顿，这一段时间明军未曾和后金军发生战事。第二年的六月，行事常用奇招的袁崇焕干了一件石破天惊的大事，他用尚方宝剑将东江镇总兵毛文龙给杀了。
毛文龙手下的数万精兵一直是牵制后军的主要力量，只不过此人很难驾驭，但在当时的形势下来讲，这支军事力量的存在就是大明朝一把利刃，随时都可刺向后金腹地。皇太极之所以没有发起对明军的进攻，主要也是忌惮这支部队。
可是，毛文龙因为桀骜不驯就被袁崇焕给杀了，这件事在朝廷引起了轰动。崇祯帝内心是极不赞成的，他认为"便宜行事"总该有个尺度，这么大的事不经汇报请示，袁崇焕就擅自做主了。但在表面上，崇祯还是做出了一副将在外军令有所不受的姿态。
随着时间的流逝，辽东的战事并没有获得显著的进展，这让崇祯对袁从焕产生了怀疑。更何况，皇太极在此期间还率领10万八旗绕道山海关直逼京师，虽然袁从焕回兵驰援京师，但这也给崇祯造成了巨大的心理压力。
崇祯对袁崇焕的疑心越来越重，皇太极也适时出手，玩出了一个反间计将袁崇焕置于死地。不久，袁崇焕便被革职论罪，在牢里呆了一年多时间，最终以通敌叛国之罪被处以极刑。袁崇焕的被杀，虽说有冤枉的成分。但作为臣子，几次三番玩弄崇祯也并非人臣之举，崇祯的多疑和袁崇焕的操切最终碰撞出火花，袁崇焕之死其实在崇祯启用他的那一天便已注定了。
