公元1217年，金兵再次南下进犯蕲州。宋宁宗召集朝中大臣商议对策，在讨论统兵大将人选时，老将赵放提议由秦钜担任，但是这个提议却遭到了其他大臣的反对。虽然大臣们都知道秦钜能力出众，但是却认为秦钜是大奸臣秦桧的后代，不值得朝廷信任。宋宁宗对此也非常犹豫，不敢把朝廷大军交给秦钜统领，最后只好找了个折中的办法，让秦钜担任蕲州通判的职位。
秦钜来到蕲州上任后，却受到了当地百姓的敌视。这一切都因为他是秦桧曾孙，百姓们痛恨秦桧，所以对他的后人秦钜一样痛恨。但是秦钜的心胸却非常的广阔，他并不计较这些，而是用自己的一言一行来改变百姓对自己的看法。自从秦钜担任蕲州通判之后，积极训练士兵，修建防御工事，对待百姓和蔼可亲。通过秦钜的这些努力，百姓们对他的看法大为改观。
公元1221年，金兵攻入蕲州境内，十万大军把蕲州城围的水泄不通。秦钜一面派人突围向朝廷报信请求援兵，一面率领城中百姓抵挡金兵的进攻。但是蕲州城中的士兵只有三千余名，和金兵的实力差距太巨大，在坚守一个多月后，仍旧没有盼来朝廷的援军，最终被金兵攻入了城中。
蕲州城破之后，百姓们四散而逃。残存下来的将士劝秦钜趁乱逃出城，但是秦钜却拒绝了这个建议，带领残余将士和金兵展开了巷战。随着攻入城中的金兵越来越多，秦钜眼看大势已去，回到通判府衙把府中存放的粮草、器械一把火烧了个精光，不给金兵留下一丝粮草。
