而袁崇焕本着物尽其用，不让尚方宝剑生锈的原则，1629年立刻祭出宝剑，斩杀了皮岛总兵毛文龙。这下可把崇祯帝气坏了，毕竟毛文龙抵抗后金也有些功劳，在辽东多少也能掣肘袁崇焕。结果袁崇焕上来就把毛文龙给杀了，擅杀朝廷大将，任何一个皇帝对此都无法接受。此时崇祯帝对袁崇焕已经从信任转为了怀疑，要不是袁崇焕在辽东还有大用，只怕崇祯帝已经要把袁崇焕给叫进京城，好好的训斥一顿了。
而这时，皇太极为了躲避袁崇焕的宁锦防线，领十余万清兵绕道蒙古，入寇京畿。而此时恰好飘起了一阵流言，说袁崇焕私底下和女真人勾结议和，所以这一次清兵才没有从山海关入寇。生性多疑的崇祯帝越发猜疑，急忙召集袁崇焕入京，他携带关宁铁骑万人驰援京城，结果被崇祯帝逮捕下狱，处以磔刑。据说皇太极曾经施反间计，抓了两个太监，故意让他们听到袁崇焕和满人密约的信息，然后放回北京。可以说袁崇焕之死不光是埋怨崇祯帝，他自己也要负很大一部分责任。
