维新运动失败后，章太炎在文章上批判梁启超，也不留情面的批判了袁世凯，袁世凯气不过将他软禁了起来。但是章太炎的待遇还是不错的，因为他学识渊博，为人正义，受到了一大批百姓的爱戴以及文人的拥护，袁世凯要是向他动手，自己也不好交代，又不敢亏待他，只能将他伺候着。
他将章太炎软禁在了北京龙泉寺，环境清幽，虽然他可以随意走动，但是范围不能太大。袁世凯每天都会派人为他送上一份报纸，并每个月都会给他发五百银元的生活费，如果他有什么需要的生活用品可以告诉狱警，让他们去买。袁世凯不仅让他住得舒服，吃得也很好，没一顿都有两个银元的补助，并配有大厨，想吃什么跟他说。
